自1990年国家农业部推出实施绿色食品工程以来，内蒙古率先开展了绿色食品开发与建设工作，利用境内的湖泊、山地、丘陵、森林中生物种类繁产品包装入口多，绿色资源丰富，空气、水质、土壤洁净度保持良好和内蒙古特殊的地理、地貌，光照充足、昼夜温差大、土壤中矿物质营养元素充足等良好条件，按照产业化发展模式，着力扶持企业开发生产高科技、高标准的绿色食品。目前，内蒙古有效使用绿色食品标志的企业有80家243个产品：呼伦贝尔市的达赉湖渔业基地、大豆基地；兴安盟的水稻种植和加工基地；赤峰市的鸡、鸭、羊、牛养殖加工基地和小杂粮种植加工基地；锡林郭勒盟的肉羊养殖加工基地；乌兰察布盟的马铃薯种植及加工基地；呼和浩特市和包头市的奶业基地和奶牛饲养业基地；巴彦淖尔盟的小麦种植加工基地、油葵和花葵的种植加工基地；阿拉善盟的盐业和天然食用碱生产加工基地；鄂尔多斯市的沙棘种植和加工基地等。绿色食品生产已形成一定的规模并形成各具特色的官网。绿色食品原料监测面积达到1,524万亩，绿色食品企业和产品数近年来平均以每年25％的速度递增，绿色食品产品数和生产总量占全国总量的10％左右，位居全国第二。